原産地は諸説ありますが、中国という説が有力で今から約2千年前の弥生時代に朝鮮を経て伝来したと考えられます。古く古事記や日本書紀の神話の中の穀物として登場しており、そのころの食べ方は、煮豆や煎り豆が主でした。
奈良時代に入ると、中国との外交も盛んになり、味噌やしょうゆの加工方法も伝わったことで加工品として利用されるようになりました。全国的に大豆が広まったのは鎌倉時代の後半で、栽培も多くされるようになり、味噌やしょうゆ以外にも加工ができるようになったことで、日本人にはなくてはならない食材になっていきました。また、未熟な大豆（えだ豆）として食べられたのは、はっきりと和漢三才図会に記載されている江戸時代だと言われています。